W systemie wdrażania główną instytucją nadzorującą realizację Programu i zarządzającą Programem jest Instytucja Zarządzająca. Taką rolę pełnił Departament Programów Wsparcia Innowacji i Rozwoju (poprzednio: Departament Konkurencyjności i Innowacyjności) w obecnym Ministerstwie Funduszy i Polityki Regionanej.
Duża część zadań – w celu sprawnej realizacji Programu - została przekazana na zasadzie delegacji uprawnień Instytucjom Pośredniczącym.
Funkcje trzech Instytucji Pośredniczących dla Programu pełniły:
- Narodowe Centrum Badań i Rozwoju (dla Priorytetu 1. i 2.).
- minister właściwy do spraw rozwoju (dla Priorytetu 3, 4, 5 i 6).
- minister właściwy do spraw administracji i cyfryzacji (dla Priorytetu 7 i 8).
Instytucjami podległymi dla Instytucji Pośredniczących były Instytucje Wdrażające (inaczej Instytucje Pośredniczące II stopnia) w łącznej liczbie sześciu instytucji, tj. Ośrodek Przetwarzania Informacji - Państwowy Instytut Badawczy, Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości, Centrum Projektów Polska Cyfrowa, Polska Organizacja Turystyczna, Bank Gospodarstwa Krajowego oraz Departament Wdrażania Programów Operacyjnych w Ministerstwie Gospodarki.
Opis systemu wdrażania Programu opisany jest szczegółowo w rozdziale 6 podstawowego dokumentu, tj. Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka, 2007-2013.
Schemat systemu wdrażania Programu Innowacyjna Gospodarka (PDF 142 KB)