Instytucje Wdrażające (Pośredniczące II stopnia)
- Ośrodek Przetwarzania Informacji - Państwowy Instytut Badawczy (dla Poddziałania 1.1.1, Działania 1.3)
- Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości (dla działań 1.4, 3.1, 3.3, 4.1, 4.2, 4.4, 5.1, 5.2, 5.3, 5.4, 6.1, 8.1, 8.2 oraz pilotażu "Wsparcie na pierwsze wdrożenie wynalazku")
- Bank Gospodarstwa Krajowego (dla Działania 4.3)
- Polska Organizacja Turystyczna (dla działań 6.3, 6.4)
- Ministerstwo Rozwoju (dla Działania 4.5 , Poddziałania 6.2.2 , 6.5.2 )
- Centrum Projektów Polska Cyfrowa (dla działań 7.1, 8.3, 8.4)
Instytucje Pośredniczące
- I i II priorytet Programu Innowacyjna Gospodarka: Narodowe Centrum Badań i Rozwoju
- III - VI priorytet Programu Innowacyjna Gospodarka: Ministerstwo Rozwoju
- VII - VIII priorytet Programu Innowacyjna Gospodarka: Ministerstwo Administracji i Cyfryzacjii)
Instytucja Zarządzająca
Ministerstwo Rozwoju (obecnie Ministerstwo Funduszy i Polityki Regionalnej)