1 lutego 2016 r. Minister Rozwoju udzielił desygnacji instytucjom zaangażowanym w realizację Programu Inteligentny Rozwój (POIR). Desygnacja to potwierdzenie spełniania przez zobowiązane instytucje warunków zapewniających prawidłową realizację programu. Otrzymały ją:
- Instytucja Zarządzająca, pełniąca jednocześnie funkcję Instytucji Certyfikującej, której zadania realizuje minister właściwy do spraw rozwoju regionalnego;
- Instytucja Pośrednicząca, której zadania realizuje minister właściwy do spraw gospodarki;
- Instytucja Pośrednicząca, której zadania realizuje Narodowe Centrum Badań i Rozwoju;
- Instytucje Wdrażające, których zadania realizują: Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości, Ośrodek Przetwarzania Informacji - Państwowy Instytut Badawczy oraz Bank Gospodarstwa Krajowego.
Oznacza to, że instytucje w systemie realizacji POIR spełniają kryteria desygnacji, a Instytucja Zarządzająca może rozpocząć składanie wniosków o płatność do Komisji Europejskiej. Kryteria desygnacji dotyczą: wewnętrznego środowiska kontroli, zarządzania ryzykiem, zarządzania i kontroli oraz monitorowania.
Zgodnie z przepisami Ustawy o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanych w perspektywie finansowej 2014-2020, uzyskanie desygnacji jest niezbędne, aby móc wnioskować do Komisji Europejskiej o zwrot wydatków poniesionych na realizację projektów w ramach POIR.